La Unión Deportiva Melilla, se fundó el 6 de febrero de 1943 mediante la fusión de tres equipos de la ciudad: Melilla FC, Español y Juventud Deportiva. En la temporada 49-50 el equipo asciende a la Segunda división española.

En la temporada siguiente perdieron la vida tres integrantes del equipo cuando se dirigían en autobús a la ciudad granadina de Loja, a la disputa de un partido. Poco después el equipo desapareció.

En el año 1976 se funda la nueva Unión Deportiva Melilla. Este equipo debuta en la Segunda división B española en la temporada 87-88.

Actualmente milita en el Grupo IV de la Segunda división B española.